Своите първи полети България Ер Извършва по маршрут София-Лондон, София - Париж. Днес географията на полетите на авиокомпанията е значително разширена и включва десетки направленя. Редовни полети Bulgaria Air изпълнява до Швейцария (Цюрих), Израел (Тел-Авив), Чехия (Прага), Франция (Париж), Италия (Рим, Милано), Великобритания (Лондон, Манчестър), Португалия (Лисабон), Дания (Копенхаген), Австрия (Виена), Полша (Варшава), Русия ( Москва, Санкт-Петербург), Унгария (Будапеща), Белгия (Брюксел), Германия (Берлин, Франкфурт), Испания (Барселона, Мадрид, Палма-де-Майорка), Нидерландия (Амстердам) и България (Варна, Бургас).
В авиационният парк на Bulgaria Air са включени 10 средномагистрални авиолайнери от марките Boeing 737-500 и Boeing 737-300.
Полети по маршрута София – Москва - София се изпълняват от самолетите на Bulgaria Air от летище Шереметиево.